データベースの紐付きが無くなっている可能性があります。
EC-CUBEのデータベースを【対処方法】を参考に修正ください。

【対処方法】
　EC-CUBEのデータベースにて削除フラグが有効になっているため
　削除フラグを無効となるよう修正ください。

　■対象テーブル名：dtb_paymentテーブル

　■対象項目名：del_flg
　　　　　　　　※現在「クレジットカード決済」del_flgが
　　　　　　　　　【1】になっているところを【0】へ変更ください。


※注意１：
　開発会社などに依頼しているなど、
　EC-CUBEのデータベースを直接操作できない場合は、
　貴社担当の開発会社様へ本FAQの内容をご相談ください。

※注意２：
　EC-CUBE3系の場合、本対応に加え、個別で受注情報の操作が
　必要な場合がありますので、以下ご参考としてください。
　操作方法
　１．EC-CUBE管理画面にログイン
　２．受注管理＞受注マスターで対象の受注を検索
　３．変更を行う受注の編集画面を表示
　４．「お支払情報」の「お支払方法」が選択できる状態になっているので
　　　【クレジットカード決済】を選択する
　５．「受注情報を登録する」ボタンより変更内容を保存する
　６．受注の操作が行えるかご確認ください

※注意３：
　他のプラグインが入っている、デザインを変更しているなど
　少しでもカスタマイズされている場合は、こちらの案内で
　解消しない可能性もあること、ご理解のうえで実施をお願いいたします。