API連携にて、3DS2.0を利用したカード登録・更新が可能です。
通常コールバック方式での手順をご案内します。
 

カード登録・更新　手順（通常コールバック方式）　

[1] 3Dセキュア認証を利用した決済処理（有効性チェック）を実施する
  　以下の順でAPIを呼び出して処理を実施ください。
　　1）取引登録
　　　　処理区分：CHECK（有効性チェック）、3DS利用フラグ：2（行う）
　　2）決済実行
　　　　トークン決済利用時は、事前にトークンの取得が必要です。
　　3）3DS2.0画面呼び出し
　　4）3DS2.0認証後決済実行

　　※決済フローの詳細はWebドキュメントを参照ください。
　　Webドキュメント-カード番号入力型で決済する場合
　　※APIの詳細もWebドキュメントを参照ください。
　　Webドキュメント-クレジットカード決済 API一覧　プロトコルタイプ
　
[2] [1]で使用したカード番号を会員IDに登録する（[1]の決済が正常に完了した場合のみ可能）
　5）会員登録
　　　すでに会員IDがある場合は不要です。
　6）決済後カード登録
　　　カード登録連番を指定することで、既存のカードが上書き（更新）されます。
　　　カード登録連番を省略した場合、カード追加となります。

　　※カード登録フローの詳細はWebドキュメントを参照ください。
　　　Webドキュメント-決済や3Dセキュア認証を行ったカードを登録する場合
　　※APIの詳細もWebドキュメントを参照ください。
　　　Webドキュメント-クレジットカード決済 会員カード登録 API一覧　プロトコルタイプ